Строительство колокольни длилось шесть лет и было окончено в 1868 году. Колокольня Софийской церкви стала первым высотным сооружением, построенным в центре города после окончании внешних строительных работ по храму Христа Спасителя, окончившихся в 1859 году.
Размеры колокольни находятся в противоречии с размерами самого храма. Изначально предполагалась постройка большого храма в византийском стиле, но от этой идеи пришлось отказаться из-за малой площади территории.