Управление морским транспортом как единой отраслью народного хозяйства нашей страны начинает свой отсчет от 18 июля 1924 года, когда постановлением Совета Труда и Обороны было образовано Акционерное общество "Совторгфлот".
Это АО объединило в себе транспортные суда, принадлежащие различным ведомствам и другим АО, порты, судоремонтные заводы, учебные заведения и сеть обслуживающих предприятий.
На 1 января 1925 года под флагом СССР по воде ходило 128 пароходов. К началу Великой Отечественной войны страна имела уже 870 судов.
С первых же военный дней все 14 пароходств, 51 морской порт, 27 судоремонтных заводов и прочих смежных предприятий - всего более 100 тысяч человек - были мобилизованы на отпор врагу.
За годы ВОВ было перевезено 100 миллионов тонн грузов, 13 900 речных и морских работников получили боевые награды.
В войну вся отрасль потеряла 380 судов, то есть больше трети от общего числа. После окончания войны СССР начал возрождать флот, порты, судоремонтные заводы. Уже в 1965 году флот насчитывал 1187 судов дедвейтом 8,4 миллиона тонн, став шестым в мире. Морской транспорт стал основным видом транспорта во внешнеторговых перевозках. Грузовые и пассажирские линии соединили страну со 130 странами на всех континентах.
В 1970‑1980‑е годы в состав транспортного флота вошли сотни специализированных судов (контейнеровозы, нефтебалкеры, железнодорожные паромы, суда для перевозки особо тяжелых грузов), были сооружены специализированные береговые комплексы. В управлении отраслью начали применять автоматизированные системы.
Советский флот стал полноправным партнером многих судовладельческих компаний мира и был принят в ряд международных организаций.
В 1990-х годах в связи с распадом Советского Союза и образованием независимых государств отрасль оказалась в упадке.
Для обеспечения потребностей России в перевозке грузов и перевалке их в портах, правительство 8 октября 1993 года приняло Программу возрождения торгового флота России.
На сегодняшний день система водного транспорта играет значительную роль, решая ответственные экономические и социальные задачи, обеспечивая потребность российской экономики в морских и речных перевозках.
Сеть внутренних водных путей России является одной из самых протяженных в мире и составляет более 100 тысяч километров. Единая глубоководная система европейской части страны составляет 6,5 тысячи километров.
За последние годы значительно увеличились объемы перевозок грузов и пассажиров внутренним водным транспортом. Подавляющее число российских судов ходят под российским флагом ‑ 1151 судно. 332 российских судна зарегистрированы за рубежом. Для привлечения отечественных судов под собственный флаг был создан Российский международный реестр, при регистрации в котором налоги мало отличаются от стран с "выгодным" флагом. Средний возраст отечественных судов под российским флагом 23 года, а под иностранным ‑ 7,5 лет.
По поручению президента России продолжением программы "Модернизация транспортной системы" с 2010 года служит новая Федеральная целевая программа "Развитие транспортной системы" на период с 2010 по 2015 годы, в которую включены подпрограммы "Морской транспорт" и "Внутренний водный транспорт".
